两地之间最短距离为268.1公里。

查询百度地图得知，选择该距离的自驾路线：途经宁芜高速、芜黄高速，经过21个红绿灯，用时3小时23分钟。

也可以选择用时偏长的自驾路线：途经宁宣高速、芜黄高速，经过19个红绿灯，用时3小时38分钟。

此外也可以选择乘坐高铁，在南京南站乘坐G3075次列车，在黄山北站下车，全程用3小时1分钟。

首先距离原因。

北京到黄山大约1330公里，而到南京则只有1018公里，从距离上说，足足多了300多公里，因此从北京到黄山花费时间比从北京到南京更长。

其次路况原因。虽然都是高铁，但进入安徽南部区域，山坡较多、弯道较多，因此车速会比在平原地区有所降低。

综上两个原因，从北京到黄山自然比到南京更慢。